Im vorherigen Kapitel haben wir ein einfaches Quarto-Dokument mit R-Code-Chunks erstellt. Standardmäßig zeigt Quarto sowohl den Code als auch seine Ausgabe. Aber in einem professionellen Report will man oft mehr Kontrolle — den Code verstecken, Warnungen unterdrücken oder nur bestimmte Ausgaben zeigen. Hier kommen Chunk-Optionen ins Spiel.

Grundlagen der Chunk-Optionen

Chunk-Optionen werden am Anfang eines Code-Chunks mit der #|-Syntax angegeben (gelesen als “Hash-Pipe”). Jede Option steht in einer eigenen Zeile:

```{r}
#| label: my-chunk
#| echo: false
#| message: false

library(tidyverse)
```

Diese Syntax ist spezifisch für Quarto. Wer zuvor R Markdown verwendet hat, kennt vielleicht den alten Stil {r echo=FALSE} — das funktioniert immer noch, aber der neue #|-Stil ist übersichtlicher und besser lesbar.

Die wichtigsten Chunk-Optionen

Hier sind die Chunk-Optionen, die man am häufigsten verwenden wird:

echo — Code zeigen oder verstecken

Die echo-Option kontrolliert, ob der Code selbst in der Ausgabe erscheint.

Einstellung	Code sichtbar?	Ausgabe sichtbar?
`echo: true` (Standard)	Ja	Ja
`echo: false`	Nein	Ja

Anwendungsfall: In einem Report für nicht-technische Leser will man typischerweise echo: false — sie interessieren sich für Ergebnisse, nicht für Code.

[1] 38.82397

Der Code, der diese Ausgabe erzeugt hat, wurde mit #| echo: false versteckt.

eval — Code ausführen oder überspringen

Die eval-Option kontrolliert, ob der Code überhaupt ausgeführt wird.

Einstellung	Code läuft?	Ausgabe erzeugt?
`eval: true` (Standard)	Ja	Ja
`eval: false`	Nein	Nein

Anwendungsfall: Beispielcode zeigen ohne ihn auszuführen, oder eine langsame Berechnung vorübergehend deaktivieren.

```{r}
#| eval: false
# Dieser Code wird angezeigt, aber nicht ausgeführt
sehr_langsame_berechnung()
```

include — Die Radikaloption

Die include-Option ist eine Abkürzung, die alles versteckt — Code, Ausgabe, Nachrichten, Warnungen.

Einstellung	Irgendetwas sichtbar?
`include: true` (Standard)	Ja
`include: false`	Nein (aber Code läuft trotzdem!)

Anwendungsfall: Setup-Chunks, die Pakete laden oder Daten vorbereiten. Der Code läuft, aber nichts überfrachtet das Dokument.

Der obige Chunk lief still. Wir können sein Ergebnis verwenden: 84.

message und warning — Benachrichtigungen unterdrücken

R-Funktionen erzeugen oft Nachrichten und Warnungen. Diese sind während der Entwicklung hilfreich, aber in einem finalen Report ablenkend.

library(scales)


Attache Paket: 'scales'

Das folgende Objekt ist maskiert 'package:purrr':

    discard

Das folgende Objekt ist maskiert 'package:readr':

    col_factor

Um diese zu unterdrücken:

```{r}
#| message: false
#| warning: false
library(scales)
```

Tipp

Für das Laden von Paketen empfehle ich, immer message: false zu verwenden. Die “Attaching package”-Nachrichten sind in einem Report selten nützlich.

output — Ausgabeformat kontrollieren

Die output-Option hat mehrere Einstellungen, aber die nützlichste ist asis:

Einstellung	Verhalten
`output: true` (Standard)	Normale Ausgabe
`output: false`	Ausgabe verstecken
`output: asis`	Ausgabe als rohes Markdown/HTML behandeln

Anwendungsfall: output: asis ist essentiell bei Paketen wie flextable, die formatierte Ausgaben erzeugen. Das werden wir in Kapitel 5 ausgiebig verwenden.

Globale Optionen setzen

Wenn man dieselben Optionen für alle Chunks im Dokument will, kann man sie global im YAML-Header setzen:

---
title: "Mein Report"
format: docx
execute:
  echo: false
  warning: false
  message: false
---

Nun verstecken alle Chunks standardmäßig Code und unterdrücken Warnungen/Nachrichten. Man kann diese Einstellungen in einzelnen Chunks immer noch überschreiben.

Hinweis

Für professionelle Reports verwende ich typischerweise diese globalen Einstellungen und zeige Code nur, wenn es didaktisch sinnvoll ist.

Chunk-Labels

Jeder Chunk sollte ein Label haben. Das dient mehreren Zwecken:

Navigation: RStudio zeigt gelabelte Chunks in der Dokumentübersicht
Debugging: Fehlermeldungen referenzieren das Chunk-Label
Querverweise: Man kann Abbildungen und Tabellen über ihr Label referenzieren (Kapitel 7)

```{r}
#| label: summary-statistics
mean(adelie$bill_length_mm)
```

Label-Regeln:

Nur Kleinbuchstaben, Zahlen und Bindestriche verwenden
Keine Leerzeichen oder Unterstriche
Muss innerhalb des Dokuments eindeutig sein
Für dieses Projekt mit qrt- präfixen für Eindeutigkeit über Kapitel hinweg

Schnellreferenz-Tabelle

Option	Zweck	Übliche Werte
`echo`	Code zeigen?	`true`, `false`
`eval`	Code ausführen?	`true`, `false`
`include`	Irgendetwas zeigen?	`true`, `false`
`output`	Ausgabe zeigen?	`true`, `false`, `asis`
`message`	Nachrichten zeigen?	`true`, `false`
`warning`	Warnungen zeigen?	`true`, `false`
`error`	Bei Fehler fortfahren?	`true`, `false`
`label`	Chunk-Bezeichner	beliebiger gültiger Name

Für die vollständige Liste der Optionen siehe die Quarto-Dokumentation zu Code Cells.

Praktisches Beispiel

So könnte ein typisches Report-Setup aussehen:

---
title: "Pinguin-Analyse"
format: docx
execute:
  echo: false
  warning: false
  message: false
---

```{r}
#| label: setup
#| include: false
library(tidyverse)
library(palmerpenguins)
library(flextable)

adelie <- penguins %>%
  filter(species == "Adelie") %>%
  drop_na()
```

# Einleitung

Dieser Report analysiert 146 Adelie-Pinguine.

```{r}
#| label: summary-table
#| output: asis
adelie %>%
  summarise(
    n = n(),
    mean_bill = mean(bill_length_mm),
    sd_bill = sd(bill_length_mm)
  ) %>%
  flextable()
```

In diesem Setup:

Globale Optionen verstecken Code und unterdrücken Nachrichten für alle Chunks
Der Setup-Chunk verwendet include: false um still zu laufen
Die Summary-Tabelle verwendet output: asis für korrektes flextable-Rendering

Übung: Kontrolliere deine Ausgabe

Nimm das Dokument aus Kapitel 2
Füge execute:-Optionen zum YAML-Header hinzu, um standardmäßig allen Code zu verstecken
Füge einen Setup-Chunk mit include: false für das Laden von Paketen hinzu
Überprüfe, dass das gerenderte Word-Dokument nur Ergebnisse zeigt, keinen Code

Was kommt als Nächstes

Jetzt wo man kontrollieren kann, was im Dokument erscheint, ist der nächste Schritt, es professionell aussehen zu lassen. In Kapitel 4 lernen wir, wie man Word-Vorlagen verwendet, um einheitliche Formatierung anzuwenden — Schriftarten, Farben, Überschriftenstile und mehr.

Zitat

Mit BibTeX zitieren:

@online{schmidt2026,
  author = {{Dr. Paul Schmidt}},
  publisher = {BioMath GmbH},
  title = {3. Chunk-Optionen},
  date = {2026-02-07},
  url = {https://biomathcontent.netlify.app/de/content/quarto/03_chunk_options.html},
  langid = {de}
}

Bitte zitieren Sie diese Arbeit als:

Dr. Paul Schmidt. 2026. “3. Chunk-Optionen.” BioMath GmbH. February 7, 2026. https://biomathcontent.netlify.app/de/content/quarto/03_chunk_options.html.

--- title: "3. Chunk-Optionen" subtitle: "Kontrollieren, was im Dokument erscheint" --- Im vorherigen Kapitel haben wir ein einfaches Quarto-Dokument mit R-Code-Chunks erstellt. Standardmäßig zeigt Quarto sowohl den Code als auch seine Ausgabe. Aber in einem professionellen Report will man oft mehr Kontrolle — den Code verstecken, Warnungen unterdrücken oder nur bestimmte Ausgaben zeigen. Hier kommen Chunk-Optionen ins Spiel. ```{r} #| label: qrt-chunk-setup #| include: false library(tidyverse) library(palmerpenguins) adelie <- penguins %>% filter(species == "Adelie") %>% drop_na() ``` # Grundlagen der Chunk-Optionen Chunk-Optionen werden am Anfang eines Code-Chunks mit der `#|`-Syntax angegeben (gelesen als "Hash-Pipe"). Jede Option steht in einer eigenen Zeile: ````markdown ```{r} #| label: my-chunk #| echo: false #| message: false library(tidyverse) ``` ```` Diese Syntax ist spezifisch für Quarto. Wer zuvor R Markdown verwendet hat, kennt vielleicht den alten Stil `{r echo=FALSE}` — das funktioniert immer noch, aber der neue `#|`-Stil ist übersichtlicher und besser lesbar. # Die wichtigsten Chunk-Optionen Hier sind die Chunk-Optionen, die man am häufigsten verwenden wird: ## echo — Code zeigen oder verstecken Die `echo`-Option kontrolliert, ob der Code selbst in der Ausgabe erscheint. | Einstellung | Code sichtbar? | Ausgabe sichtbar? | |-------------|----------------|-------------------| | `echo: true` (Standard) | Ja | Ja | | `echo: false` | Nein | Ja | **Anwendungsfall:** In einem Report für nicht-technische Leser will man typischerweise `echo: false` — sie interessieren sich für Ergebnisse, nicht für Code. ```{r} #| label: qrt-echo-demo #| echo: false mean(adelie$bill_length_mm) ``` Der Code, der diese Ausgabe erzeugt hat, wurde mit `#| echo: false` versteckt. ## eval — Code ausführen oder überspringen Die `eval`-Option kontrolliert, ob der Code überhaupt ausgeführt wird. | Einstellung | Code läuft? | Ausgabe erzeugt? | |-------------|-------------|------------------| | `eval: true` (Standard) | Ja | Ja | | `eval: false` | Nein | Nein | **Anwendungsfall:** Beispielcode zeigen ohne ihn auszuführen, oder eine langsame Berechnung vorübergehend deaktivieren. ````markdown ```{r} #| eval: false # Dieser Code wird angezeigt, aber nicht ausgeführt sehr_langsame_berechnung() ``` ```` ## include — Die Radikaloption Die `include`-Option ist eine Abkürzung, die alles versteckt — Code, Ausgabe, Nachrichten, Warnungen. | Einstellung | Irgendetwas sichtbar? | |-------------|----------------------| | `include: true` (Standard) | Ja | | `include: false` | Nein (aber Code läuft trotzdem!) | **Anwendungsfall:** Setup-Chunks, die Pakete laden oder Daten vorbereiten. Der Code läuft, aber nichts überfrachtet das Dokument. ```{r} #| label: qrt-include-demo #| include: false # Dieser Chunk läuft still — man sieht nichts in der Ausgabe geheime_berechnung <- 42 * 2 ``` Der obige Chunk lief still. Wir können sein Ergebnis verwenden: `{r} geheime_berechnung`. ## message und warning — Benachrichtigungen unterdrücken R-Funktionen erzeugen oft Nachrichten und Warnungen. Diese sind während der Entwicklung hilfreich, aber in einem finalen Report ablenkend. ```{r} #| label: qrt-message-demo-show #| message: true #| warning: true library(scales) ``` Um diese zu unterdrücken: ````markdown ```{r} #| message: false #| warning: false library(scales) ``` ```` :::{.callout-tip} Für das Laden von Paketen empfehle ich, immer `message: false` zu verwenden. Die "Attaching package"-Nachrichten sind in einem Report selten nützlich. ::: ## output — Ausgabeformat kontrollieren Die `output`-Option hat mehrere Einstellungen, aber die nützlichste ist `asis`: | Einstellung | Verhalten | |-------------|-----------| | `output: true` (Standard) | Normale Ausgabe | | `output: false` | Ausgabe verstecken | | `output: asis` | Ausgabe als rohes Markdown/HTML behandeln | **Anwendungsfall:** `output: asis` ist essentiell bei Paketen wie flextable, die formatierte Ausgaben erzeugen. Das werden wir in Kapitel 5 ausgiebig verwenden. # Globale Optionen setzen Wenn man dieselben Optionen für alle Chunks im Dokument will, kann man sie global im YAML-Header setzen: ```yaml --- title: "Mein Report" format: docx execute: echo: false warning: false message: false --- ``` Nun verstecken alle Chunks standardmäßig Code und unterdrücken Warnungen/Nachrichten. Man kann diese Einstellungen in einzelnen Chunks immer noch überschreiben. :::{.callout-note} Für professionelle Reports verwende ich typischerweise diese globalen Einstellungen und zeige Code nur, wenn es didaktisch sinnvoll ist. ::: # Chunk-Labels Jeder Chunk sollte ein Label haben. Das dient mehreren Zwecken: 1. **Navigation**: RStudio zeigt gelabelte Chunks in der Dokumentübersicht 2. **Debugging**: Fehlermeldungen referenzieren das Chunk-Label 3. **Querverweise**: Man kann Abbildungen und Tabellen über ihr Label referenzieren (Kapitel 7) ````markdown ```{r} #| label: summary-statistics mean(adelie$bill_length_mm) ``` ```` **Label-Regeln:** - Nur Kleinbuchstaben, Zahlen und Bindestriche verwenden - Keine Leerzeichen oder Unterstriche - Muss innerhalb des Dokuments eindeutig sein - Für dieses Projekt mit `qrt-` präfixen für Eindeutigkeit über Kapitel hinweg # Schnellreferenz-Tabelle | Option | Zweck | Übliche Werte | |--------|-------|---------------| | `echo` | Code zeigen? | `true`, `false` | | `eval` | Code ausführen? | `true`, `false` | | `include` | Irgendetwas zeigen? | `true`, `false` | | `output` | Ausgabe zeigen? | `true`, `false`, `asis` | | `message` | Nachrichten zeigen? | `true`, `false` | | `warning` | Warnungen zeigen? | `true`, `false` | | `error` | Bei Fehler fortfahren? | `true`, `false` | | `label` | Chunk-Bezeichner | beliebiger gültiger Name | Für die vollständige Liste der Optionen siehe die [Quarto-Dokumentation zu Code Cells](https://quarto.org/docs/reference/cells/cells-knitr.html). # Praktisches Beispiel So könnte ein typisches Report-Setup aussehen: ````markdown --- title: "Pinguin-Analyse" format: docx execute: echo: false warning: false message: false --- ```{r} #| label: setup #| include: false library(tidyverse) library(palmerpenguins) library(flextable) adelie <- penguins %>% filter(species == "Adelie") %>% drop_na() ``` # Einleitung Dieser Report analysiert `{r} nrow(adelie)` Adelie-Pinguine. ```{r} #| label: summary-table #| output: asis adelie %>% summarise( n = n(), mean_bill = mean(bill_length_mm), sd_bill = sd(bill_length_mm) ) %>% flextable() ``` ```` In diesem Setup: - Globale Optionen verstecken Code und unterdrücken Nachrichten für alle Chunks - Der Setup-Chunk verwendet `include: false` um still zu laufen - Die Summary-Tabelle verwendet `output: asis` für korrektes flextable-Rendering :::{.callout-tip collapse="false"} ## Übung: Kontrolliere deine Ausgabe 1. Nimm das Dokument aus Kapitel 2 2. Füge `execute:`-Optionen zum YAML-Header hinzu, um standardmäßig allen Code zu verstecken 3. Füge einen Setup-Chunk mit `include: false` für das Laden von Paketen hinzu 4. Überprüfe, dass das gerenderte Word-Dokument nur Ergebnisse zeigt, keinen Code ::: # Was kommt als Nächstes Jetzt wo man kontrollieren kann, was im Dokument erscheint, ist der nächste Schritt, es professionell aussehen zu lassen. In Kapitel 4 lernen wir, wie man Word-Vorlagen verwendet, um einheitliche Formatierung anzuwenden — Schriftarten, Farben, Überschriftenstile und mehr.